1. การเกิดฟันผุ โรคเหงือก และการเกิดจุดด่างขาว(decalcification)บนผิวเคลือบฟัน ผลเหล่านี้จะเกิดในกรณีที่ผู้ป่วยรับประทานอาหารที่มีน้ำตาลมากเกินไป และ/หรือไม่ทำความสะอาดฟันอย่างถูกวิธีและอย่างสม่ำเสมอ ซึ่งปัญหานี้ก็เกิดขึ้นได้ตามปกติแม้จะไม่ได้รับการจัดฟัน แต่การจัดฟันก็จะเพิ่มความเสี่ยงต่อการเกิดโรคดังกล่าวได้มากขึ้น
2. ในผู้ป่วยบางราย อาจทำให้ความยาวของรากฟันลดลงในขณะที่จัดฟัน ซึ่งโอกาสที่จะเกิดนั้นมีไม่เท่ากันในแต่ละราย ส่วนใหญ่มักเกิดอย่างไม่มีนัยสำคัญ และจะไม่มีผลกระทบต่อประสิทธิภาพการบดเคี้ยวอาหาร
3. การเคลื่อนฟัน อาจมีผลต่อสุขภาพของกระดูกและเหงือกที่รองรับฟันอยู่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกรณีที่มีรอยโรคเดิมอยู่แล้ว ในผู้ป่วยที่มีการเรียงตัวของฟันที่ผิดปกติ การจัดฟันจะช่วยลดการสูญเสียฟัน หรือการเกิดเหงือกอักเสบได้ ส่วนการเกิดเหงือกอักเสบหรือการเกิดการละลายตัวของกระดูกเบ้าฟัน จะเกิดได้ในกรณีที่ผู้ป่วยไม่สามารถทำความสะอาดฟันเพื่อกำจัดคราบจุลินทรีย์ ออกจากฟันได้หมด
4. ภายหลังการจัดฟันเสร็จแล้ว ฟันอาจมีการเคลื่อนไปจากตำแหน่งที่จัดไว้ได้ ซึ่งมักจะเกิดขึ้นได้เล็กน้อย และเราสามารถลดการเกิดกรณีดังกล่าวได้ โดยการใส่เครื่องมือคงสภาพฟันอย่างสม่ำเสมอและเป็นเวลานานเพียงพอ โดยปกติ ฟันสามารถเปลี่ยนแปลงตำแหน่งไปในลักษณะที่ไม่ต้องการได้จากหลายสาเหตุ เช่น การขึ้นของฟันคุด การเจริญเติบโต และ/หรือการเปลี่ยนแปลงไปสู่การเป็นผู้ใหญ่ การหายใจทางปาก การเล่นเครื่องดนตรีบางชนิด และนิสัยผิดปกติบางอย่างในช่องปาก ซึ่งปัจจัยทั้งหมดที่กล่าวมานี้ เป็นปัจจัยที่ทันตแพทย์ไม่สามารถควบคุมได้
5. ในบางกรณี อาจมีปัญหาเกิดขึ้นที่ข้อต่อขากรรไกร อันมีผลให้เกิดการปวดที่ข้อต่อดังกล่าว ปวดศีรษะ หรือภายในหู ซึ่งปัญหานี้อาจจะเกิดขึ้นได้แม้จะไม่ได้รับการจัดฟัน ดังนั้น ถ้าเกิดปัญหาเหล่านี้ขึ้นผู้ป่วยควรจะรีบแจ้งให้กับทันตแพทย์ทราบ
6. ในบางกรณี สำหรับฟันซี่ที่เคยได้รับอุบัติเหตุมาก่อน หรือเคยผุลึกมากๆ การเคลื่อนฟันอาจมีผลต่อเส้นประสาทที่มาหล่อเลี้ยงฟัน ทำให้มีอาการมากขึ้นจนต้องทำการรักษาคลองรากฟัน
7. ในบางกรณี เครื่องมือจัดฟันอาจหลุด และคนไข้อาจกลืนลงไปด้วยความบังเอิญ ซึ่งจะออกจากร่างกายโดยการขับถ่าย นอกจากนี้เครื่องมือจัดฟันอาจทำให้เกิดการระคายเคือง หรือเกิดแผลบริเวณเหงือก แก้ม และริมฝีปากได้ ปกติแล้ว ภายหลังจากการพบทันตแพทย์เพื่อทำการปรับเครื่องมือในแต่ละครั้ง มักจะทำให้เกิดอาการตึงหรือปวดฟันบ้าง โดยที่ช่วงเวลาและระดับความรู้สึกดังกล่าวจะไม่เท่ากันในแต่ละราย โดยทั่วไป ความรู้สึกปวดหรือตึงฟันมักจะค่อยๆลดลงไปภายใน 24-48 ชั่วโมงหลังจากการปรับเครื่องมือ แต่ถ้ามีอาการผิดปกติ หรือมีเครื่องมือหัก หลุดเกิดขึ้น ผู้ป่วยควรจะแจ้งให้ทันตแพทย์ทราบโดยเร็วเพื่อแก้ไข หรือป้องกันมิให้เครื่องมือที่หลวมหลุดเข้าคอ
8. บางกรณี(ซึ่งเกิดขึ้นน้อยราย) การใช้เครื่องมือทางทันตกรรมจัดฟัน อาจทำให้เกิดแผลในช่องปาก หรือเกิดการกระทบกระแทกต่อฟันได้บ้าง ส่วนการสึกของฟันที่ผิดปกติอาจเกิดขึ้นเองได้ถ้าผู้ป่วยมีการบดเคี้ยวที่รุนแรงกว่าปกติ
9. การใช้เครื่องมือจัดฟันชนิดนอกช่องปาก เช่น headgear เป็นต้น อาจก่อให้เกิดอุบัติเหตุต่อใบหน้า หรือตาจนถึงขั้นตาบอดได้ถ้าใช้โดยขาดความระมัดระวัง เช่นการที่ผู้ป่วยใส่เครื่องมือนอกช่องปากนั้นใน ขณะเล่นกีฬาที่เป็นการแข่งขัน จึงห้ามไม่ให้ใส่ในขณะเล่นกีฬาดังกล่าว เพราะอาจทำให้เกิดอันตรายได้ แม้เครื่องมือจะมีระบบความปลอดภัยไว้แล้วก็ตาม
10. การจัดฟันเพื่อแก้ไขการมีฟันซ้อนเก มักจะต้องมีการถอนฟันบางซี่ หรือในการแก้ไขการไม่สมดุลของโครงสร้างขากรรไกรบนและล่าง อาจต้องอาศัยการผ่าตัดร่วมด้วย ผู้ป่วยจึงควรสอบถามถึงปัจจัยต่างๆที่อาจเกิดขึ้นจากการได้รับการบำบัดรักษาดังกล่าว จากทันตแพทย์ผู้ให้การรักษาก่อนการตัดสินใจ
11. รูปร่างของฟันที่ผิดปกติ หรือการเจริญเติบโตที่ผิดปกติของขากรรไกร อาจจะทำให้ผลการรักษาที่ได้รับถูกจำกัดมากขึ้น เช่น ในกรณีที่การเจริญเติบโตของขากรรไกรมีความไม่สมดุลกันในระหว่างหรือหลังการรักษา หรือมีการขึ้นของฟันที่ช้าผิดปกติ อาจทำให้การสบฟันเปลี่ยนไป ทำให้อาจต้องได้รับการรักษาเพิ่มเติม หรือบางครั้งอาจต้องจัดฟันร่วมกับการผ่าตัด การที่ผู้ป่วยมีการเจริญเติบโตที่ผิดปกติไม่สมดุลกันหรือมีการสร้างของฟัน ที่ผิดปกติเหล่านี้ เป็นกระบวนการทางธรรมชาติที่ทันตแพทย์ไม่สามารถควบคุมได้ และการเปลี่ยนแปลงการเจริญเติบโตภายหลังจากการจัดฟัน อาจส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของผลการรักษา
12. ระยะเวลาทั้งหมดที่ต้องใช้ในการจัดฟันนั้น อาจไม่สามารถกำหนดได้แน่นอน การมีการเจริญเติบโตของกระดูกที่น้อยหรือมากกว่าปกติ การให้ความร่วมมือที่ไม่ดีพอในการใส่เครื่องมือในแต่ละวัน การไม่รักษาความสะอาดภายในช่องปาก การทำเครื่องมือหลุด และการผิดนัดกับทันตแพทย์ ล้วนมีผลให้ระยะเวลาในการรักษาเพิ่มขึ้น และจะมีผลต่อผลการรักษาที่จะได้รับ
13. เนื่องจากขนาดและรูปร่างของฟัน มีความแตกต่างกันอย่างมาก บางครั้งเพื่อให้ได้ผลในการจัดฟันที่ดี (เช่น การปิดช่องว่างระหว่างฟัน) ทันตแพทย์จำเป็นต้องใช้การบูรณะฟันเข้าช่วย ซึ่งส่วนใหญ่มักได้แก่การอุดฟัน การทำครอบฟันหรือสะพานฟัน และ/หรือการรับการรักษาทางศัลย์ปริทันต์ ผู้ป่วยสามารถสอบถามรายละเอียดได้จากทันตแพทย์ผู้ให้การรักษาดังกล่าว
14. การมีโรคประจำตัวบางอย่างอาจมีผลต่อการจัดฟัน ผู้ป่วยควรแจ้งแก่ทันตแพทย์ทราบในกรณีที่มีการเปลี่ยนแปลงของสุขภาพเกิดขึ้น
สมาคมทันตแพทย์จัดฟันแห่งประเทศไทย